LSF上指定每个节点运行单个任务
LSF上指定每个节点运行单个任务，最终实现如下：
import os
import re
import time
n_queues = 20
while True:
bjobs = os.popen('bjobs')
bjobs = ''.join(bjobs.readlines())
pattern = re.compile('24\*'+'(.*?)'+'\s')
host_list = pattern.findall(bjobs)
if len(host_list) == n_queues:
break
time.sleep(1)
for i in range(len(host_list)-1):
h = host_list[i]
os.system('OMP_NUM_THREADS=24 && mpirun -host {} -np 1 --bind-to core --map-by ppr:1:node:pe=24 -x OMP_NUM_THREADS python vina_dock_mpi.py &'.format(h))
time.sleep(1)
os.system('OMP_NUM_THREADS=24 && mpirun -host {} -np 1 --bind-to core --map-by ppr:1:node:pe=24 -x OMP_NUM_THREADS python vina_dock_mpi.py'.format(host_list[-1]))
print('DONE')
之前尝试使用-npernode但效果不好，参考mpirun控制进程分配。
更新时间：2022-01-14 12:29:26
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